Profesor Mustafa është bashkëthemelues i Institutit Riinvest (1995), ndërsa ishte edhe president deri në vitin 2010. Për dy mandate (2010-2017) ishte deputet në Kuvendin e Kosovës (jo-partiak) dhe kryesoi Komisionin për Zhvillim Ekonomik, Tregtisë dhe Industrisë. Aktualisht është anëtar i lartë në Institutin Riinvest. Me përvojë në udhëheqjen dhe menaxhimin e projekteve brenda angazhimeve në Institutin Riinvest (më shumë se 40 raporte të publikuara). Ai botoi 10 tekste dhe monografi universitare. Ai po ligjëron Menaxhimin e Zhvillimit, Strategjitë dhe Politikat e Zhvillimit Ekonomik dhe ka qenë i përfshirë në hartimin dhe menaxhimin e politikave publike.
Fokusi i hulumtimeve: Menaxhimi i Zhvillimit, Politikat Publike, Mjedisi i Biznesit; Strategjia Pas Rindërtimit dhe Ristrukturimit të Konfliktit.